A razão do Cebolinha ter sapato foi para GANHAR TEMPO.
Quando o Maurício de Sousa começou a desenhar, ele era sozinho. Como suas tirinhas começaram a ficar populares e vários jornais de todo o Brasil começaram a contratá-lo, era impossível dar conta de tantos desenhos. Então, para ganhar tempo e não perder nenhum prazo, ele começou a simplificar os desenhos e uma das alterações que ele fez foi essa, deixar praticamente toda a Turma da Mônica descalças e sem dedos.
Ele manteve apenas o Cebolinha de sapato (como também deixou o Franjinha, seu primeiro personagem criado), pois desde o começo ele já usava e preferiu não mudar isso. Quando criou os novos personagem ele aboliu os sapatos.
FONTE: NerdPai